جا مسواکی آنتی باکتریال با هدف کاهش باکتری‌ها و میکروب‌هایی که بر روی برس مسواک تجمع می‌یابند، طراحی شده‌اند. این ابزارها از فناوری‌های مختلفی بهره می‌برند که اصلی‌ترین آن‌ها استفاده از نور فرابنفش (UV) است. نور فرابنفش با از بین بردن باکتری‌ها و میکروارگانیسم‌ها، به پاکیزگی و بهداشت مسواک کمک می‌کند. در برخی مدل‌ها، از شوینده‌های آنتی باکتریال برای ضدعفونی کردن مسواک استفاده می‌شود. برخی افراد ممکن است از دهان‌شویه‌ها نیز برای این منظور بهره ببرند. دستگاه‌های ضدعفونی‌کننده مسواک با استفاده از نور فرابنفش نه تنها باکتری‌ها را از بین می‌برند بلکه با ایجاد تغییرات در ساختار ژنتیکی میکروب‌های باقی‌مانده، مانع از تکثیر آن‌ها می‌شوند. برخی دستگاه‌ها نیز از بخار و گرمای خشک برای ضدعفونی کردن مسواک استفاده می‌کنند. استفاده از مایکروویو یا ماشین ظرف‌شویی برای ضدعفونی کردن مسواک توصیه نمی‌شود، چرا که حرارت بالا می‌تواند به برس مسواک آسیب بزند. در مقابل، دستگاه‌های ضدعفونی‌کننده مسواک به‌طور خاص برای این منظور طراحی و ساخته شده‌اند و از این رو بهترین گزینه برای حفظ بهداشت مسواک هستند.