کتاب حضرت حجت در چهار گلستان تقسیم شده است. در بخش ابتدایی منظومه فکری آیت الله بهجت در مورد امام تبیین شده است. در گلستان دوم که معظم کتاب به این بخش مرتبط است مشتمل بر تمام گفتارها و پرسش و پاسخ‌هایی است که ایشان در مورد امام زمان مطرح کرده‌اند. در بخش سوم شرط تشرف به ساحت امام و تجربیاتی که ایشان نقل کرده‌اند یا خود به تشرف حضرت نائل شده‌اند به شکل مفصل ذکر شده‌اند و بخش پایانی تلاش شاگردان و همراهان ایشان برای پاسخگویی به برخی سوالات و شبهات در مورد امام است که تلاش کرده‌اند براساس تعالیم و نظرات آیت الله بهجت پاسخ دهند.