«مغازه ی جادویی» داستان زندگی پسربچه‌ای فقیر است که در یک مغازه کوچک با زنی آشنا می‌شود؛ دیداری که مسیر زندگی او را برای همیشه تغییر می‌دهد. داستان از کودکی جیمز دوتی آغاز می‌شود، پسربچه‌ای که در خانواده‌ای فقیر و آشفته زندگی می‌کند. پدرش با اعتیاد دست‌وپنجه نرم می‌کند و مادرش با مشکلات شدید روحی مواجه است. شرایط اقتصادی خانواده نیز بسیار دشوار است و آینده روشنی برای او قابل تصور نیست. در یکی از روزهای تابستان، جیمز به‌طور اتفاقی وارد مغازه‌ای کوچک می‌شود و با زنی مهربان به نام روث آشنا می‌شود...