تفسیر موضوعی با توجه به شناسایی محکمات و متشابهات و با بهره گرفتن از احادیث اهل‏بیت و تطبیق آیات قرآن بر همدیگر به دست می‏ آید. کتاب «تفسیر موضوعی قرآن کریم بر اساس تفسیر المیزان» در شش فصل و چهارده درس تنظیم و تدوین شده است: فصل اول با عنوان «ما و قرآن» شامل دو مساله شناخت قرآن و هدایت به قرآن می شود. فصل دوم با عنوان «ما و خدا» دو مساله باور به خدا و صفات خدا را بررسی کرده است. فصل سوم با عنوان «سعادت انسان» طی دو درس از سعادت به عنوان هدف آفرینش و عوامل سعادت آفرین سخن می گوید. فصل چهارم که «نیایش و نماز؛ اوج بندگی» نام دارد، در درس اول «نیایش و نماز» و در درس دوم «تفسیر سوره حمد» و در درس سوم «تفسیر سوره توحید» و «تفسیر سوره قدر» را بیان می کند. فصل پنجم زندگی سعادتمندانه انسان را با بررسی وظیفه انسان ها نسبت به جامعه، پدر، مادر و همسر را بررسی کرده است. فصل ششم با عنوان «زندگی انسان پس از دنیا»، مرگ، حیات برزخی انسان، قیامت و حیات اخروی انسان را بررسی می کند.