این رمان، داستانی تمثیلی است و به زندگی انسان‌ها و کشمکش درونی و بیرونی آن‌ها می‌پردازد. هر انسانی در قلب خود بر این باور است که منحصر به فرد می‌باشد و تمایل ندارد مانند سایرین باشد. چنین مسائلی درونمایه‌ی اصلی رمان جاناتان مرغ دریایی را تشکیل می‌دهد. از طرف دیگر می‌توان این داستان را ماجرای مرغ دریاییِ جوانی دانست که نمی‌خواهد مثل نیاکان خود باشد و کورکورانه از قوانین تبعیت کند. شاید این رمان به یادماندنی تلنگری برای شما باشد تا تعصبات بی‌معنی را کنار بگذارید و آزاد و رها همان‌طور که تمایل دارید، زندگی کنید.