تعیین نسبت جامعۀ دینداران مسلمان با دنیای جدید، یک محور اساسی و مهمی دارد که همان علم جدید است ـ که در دامن عقل جدید متولد شده است ـ و بر جامعۀ جهان اسلام و در رأس آن، بر متفکران مسلمان، این امر ـ یعنی تبیین نسبت علم و دین ـ یک فرضیۀ علمی است که باید به آن بپردازند. شاید بتوان گفت که مرحوم علامه جعفری در چنین فضایی است که تلاش خستگی‌ناپذیری را از دوران جوانی خود آغاز می‌کنند و تا زمانی که در قید حیات بودند، در همین مسیر گام می‌زنند. به تعبیر دیگر: اگر بخواهیم از زاویۀ موضوع علم و دین به آثار استاد جعفری نظر کنیم، باید بگوییم که در مکتوبات و حتی برخی سخنرانیهای ایشان، دو سطح یا دو دسته از آثار را می‌توان در موضوع علم و دین شناسایی کرد: یک ـ سطح عام دو ـ سطح خاص مراد از سطح عام آن است که بخش گسترده‌ای از آثار علامه جعفری که به حوزۀ جهان‌شناسی، انسان‌شناسی، هستی‌شناسی، اخلاق و مانند آن مربوط است و به طور خاصی در آثاری مثل تفسیر مثنوی و تفسیر نهج‌البلاغه ایشان ظهور کرده است، در واقع، تبیینی از نسبت علوم انسانی جدید با تفکر اسلامی است که به سهم خود باید گفت که در این میان، نوعی علوم انسانی اسلامی جدید تولد یافته است. یعنی آثار ایشان در این سطح عام، بیش از آنکه صرفاً به طور حرفه‌ای به بحث نسبت علم جدید و دین ـ به ویژه اسلام ـ بپردازد، به تولید و تولد نوعی علوم انسانی اسلامی نوین پرداخته است. ...