مقصود از منطق تفسیر قرآن، مبانی، قواعد، سنجه‌ها، روش‌ها، گرایش‌ها و شیوه تحقیق در تفسیر قرآن است، که مراعات آنها می‌تواند از خطای مفسران جلوگیری کند و به عبارت دیگر، «قواعد و ضوابط و روش‌های استنباط از قرآن کریم است، که راه برداشت صحیح از قرآن را به مفسّر می‌آموزد». بنابراین، منطق تفسیر قرآن شامل: مبانی تفسیر؛ قواعد تفسیر؛ روش‌های تفسیری؛ گرایش‌های تفسیری و روش پژوهش در تفسیر و علوم قرآن است. نگارنده در جلد اول «منطق تفسیر قرآن» به موارد اول و دوم، و در این مجلد به مورد سوم و چهارم و در جلد سوم به مورد آخر پرداخته است. در جلد چهارم مباحث جدید دانش تفسیر شامل: زبان قرآن، هرمنوتیک و فرهنگ زمانه بحث و بررسی شده و در جلد پنجم به علوم طبیعی و انسانی در قرآن پرداخته است.