ریشه زعفران یا خامه زعفران در واقع قسمت انتهایی کلاله زعفران است که با این نام خوانده می شود پس ریشه اصلی زعفران در زیر خاک قرار دارد. گل زعفران دارای شش گلبرگ بنفش رنگ و سه پرچم زرد رنگ متصل به ساقه است. با جدا کردن گلبرگ ها قسمت کلاله را می‌بینیم که شامل سه عدد شاخه سرخ رنگ است و به قسمت انتهایی کلاله به رنگ سفید متصل است. این قسمت سفید رنگِ مایل به زرد خامه یا ریشه زعفران نام دارد. اگر موقع جدا کردن(پَر کردن) زعفران کلاله‌ی زعفران به قسمت سفید رنگ(ریشه) متصل بماند و به صورت دسته روی هم چیده شود به آن زعفران دخترپیچ یا دسته می گویند. اگر کلاله سرخ رنگ زعفران بصورت جدا جدا مرتب شود، همان زعفران اصلی و مرغوب است. ریشه زعفران همانند کلاله‌ی آن، دارای ویتامین های B۱ ،B۲ ،B۶ و C، عناصر معدنی از قبیل آهن، منگنز و کلسیم است اما نسبت به کلاله دارای مقدار کمتری از این مواد است. گفتنی است که ریشه برخلاف رشته های سرخ رنگ زعفران دارای مقدار کمتری کروسین است و بخاطر همین رنگدهی پایین تری دارد چون کروسین عامل اصلی رنگ دهی زعفران است.