بابونه حاوی مواد شیمیایی به نام فلاونوئیدها است. این فلاونوئیدها نوعی ماده مغذی موجود در بسیاری از گیاهان هستند و نقش مهمی در اثرات دارویی بابونه دارند. از مهم ترین ترکیبات بابونه می توان به آنتی اکسیدان ها مانند آپیژنین ها، فلاون ها اشاره کرد. بابونه حاوی کومارین که یک ترکیب طبیعی با اثرات ضد انعقاد یا رقیق کننده خون است.