سم پنکونازول برای کنترل بیماری‌های قارچی در محصولات مختلف کشاورزی از جمله انگور، سیب و سبزیجات استفاده می‌شود. این سم با جلوگیری از ساخت استرول در قارچ، رشد آن را مهار می‌کند و برای کنترل سفیدک پودری (سفیدک سطحی) و سایر بیماری‌های قارچی کاربرد دارد.