خواص بذر کتان قهوه ای همانطور که گفته شد عمده فواید بذر کتان قهوه ای به دلیل ترکیبات موجود در آن است. در ۱۰۰ گرم بذر کتان حدود ۴۰ گرم چربی وجود دارد. مصرف بذر کتان از بیماری سرطان بویژه سرطان سینه در زنان جلوگیری می کند. همچنین در کوچک شدن تومور های سرطانی نیز نقش دارد. زنانی که قاعدگی نامنظم دارند می توانند برای رفع این مشکل از بذر کتان استفاده کنند. بذر کتان باعث تنظیم ترشح هورمون های زنانه شده و به همین دلیل مصرف آن به زنان بیشتر توصیه می شود. کاهش کلسترول خون مصرف بذر کتان باعث تنظیم میزان کلسترول خون می شود. اسید های چرب موجود در بذر کتان باعث بالا رفتن میزان کلسترول خوب خون می شود و به گردش بهتر خون کمک می کند. افرادی که به طور مرتب از دانه کتان استفاده می کنند احتمال ابتلا به بیماری گرفتگی عروق و بیماری های قلبی در آنان کمتر است.