فلفل هابانرو شکلاتی با بذر تکثیر شده و بصورت بوته ای رشد می کند. این نوع فلفل بوته تقریبا کوچکی دارد که شاخه های زیادی از ساقه علفی آن منشعب می شود. برگ های قلبی شکل سبز رنگی روی شاخه های آن ظاهر می شود. این گیاه وقتی به بلوغ می رسد گل های کوچک زرد رنگی بر روی شاخه های آن ظاهر می گردد که این گل ها به مرور به فلفل تبدیل می شود. فلفل هابانرو شکلاتی از نظر ظاهری اندازه ای کوچک در حد 4 یا 5 سانتیمتر دارد. پوست آن دارای چروک های برجسته ای است و رنگ آن شکلاتی که به قهوه ای سوخته نزدیک می باشد.