پس از سال‌ها نبرد و جنگ‌های بی‌پایان، «کره‌های آتشین» که قدرت‌های فوق‌العاده‌ای در خود دارند، از چنگ «شائو کان» بیرون آمده و در اختیار قهرمانان و مبارزان دنیای «مورتال کامبت» قرار گرفته‌اند. این قهرمانان، پس از جداسازی «کره‌های آتشین»، برای اطمینان از این‌که «شائو کان» نتواند به آن‌ها دست یابد، این کره‌ها را به صورت مخفیانه در قلمروهایی دورافتاده و ناشناخته پراکنده کرده و خود، تا زمان بازگرداندن آن‌ها به مکان اصلی‌شان، به مراقبت از آن‌ها پرداخته‌اند. اکنون، ارتش «تاریکی‌ها»، دست‌نشانده‌های بی‌رحم و بی‌مهر «شائو کان»، به‌طور خطرناکی به این قلمروها نزدیک شده‌اند.