استاد در مباحث اخلاقی قرآن نیز طرحی نو برای دسته بندی موضوعی آیات دارند. بر این اساس، پس از طرح مباحث مقدماتی و فلسفی در باب اخلاق، اخلاق انسانیِ مورد نظرِ قرآن را در سه بخش اخلاق الهی، اخلاق فردی و اخلاق اجتماعی به بحث می گذارند. به این ترتیب، مجموع مباحث اخلاق در قرآن، در چهار بخش تدوین یافته است: بخش اول به مفاهیم و کلیات اخلاق ـ که همان مباحث مقدماتی است ـ می پردازد; بخش دوم اخلاق الهی را برمی رسد;1 بخش سوم درباره اخلاق فردی است که در جلد دوم گرد آمده; و بخش چهارم اخلاق اجتماعی را پژوهیده، که جلد سوم را به خود اختصاص داده است. در بخش مفاهیم و کلیات، این مباحث مطرح شده است: اصول موضوعه در علم اخلاق (اصولی مانند اختیار و تأثیرپذیری انسان); ویژگی های مفاهیم اخلاقی; مفاهیم عام اخلاقی در قرآن; تفاوت نظام اخلاقی اسلام با دیگر نظام های اخلاقی; اساس ارزش اخلاقی در اسلام; عوامل کلی سقوط (هوای نفس، دنیا و شیطان). در بخش اخلاق الهی مباحث زیبا و پرتأثیری درباره رابطه انسان با خدا، ارزش معرفت خدا و راه کسب آن، موانع معرفت (حس گرایی، تقلید، اعتماد به ظن، و علاقه افراط آمیز به مادیات)، و آثار روانی و رفتاری معرفت خداوند طرح شده است