کلان‌طرح «بازسازی و تحلیل منابع تاریخی مفقود شیعه تا قرن پنجم» طرحی است که به‌ روشی علمی، بخشی از منابع تاریخی مفقود شیعه را که تنها گزارش‌های پراکنده‌ای از آنها باقی‌مانده، بازسازی می‌کند و سپس به تحلیل و بررسی جوانب مختلف سندی و متنی آنها می‌پردازد. جمع‌آوری و تنظیم علمی آنها، شخصیت‌شناسی مؤلف، اهمیت و بسترشناسی موضوع، تحلیل سندی و متنی منبع بازسازی‌شده، رویکرد مؤلف به‌موضوع، تبیین مکتب تاریخ‌نگاری مؤلف و نیز مقایسه‌ منبع بازسازی‌شده با منابع مشابه برای شناخت تشابهات و تمایزات تاریخ‌نگاری شیعه و اهل‌سنت از مؤلفه‌های مهم این طرح است. اولین پژوهش این کلان‌پروژه به‌مباحث نظری بازسازی و قواعد علمی آن اختصاص یافته است. پژوهش‌های بعدی به بازسازی منابع مفقوده مورخان شیعه تا قرن پنجم خواهد پرداخت. موضوعات این مجموعه عبارت‌اند از: سیره نبوی، تاریخ اهل‌بیتD تاریخ تشیع، قیام‌ها و مقاتل آل ابی‌طالب. از این مجموعه، سه متن درسی تولید خواهد شد که به تاریخ نگاری و منبع‌شناسی شیعه اختصاص خواهد یافت.