داستان، در سه خط روایی درهم‌تنیده پیش می‌رود: ورود شیطان در قالب والاند و همراهان عجیبش، ازجمله گربه‌ای سخنگو به نام بهموت، به مسکو؛ داستان عاشقانه‌ی استاد (نویسنده‌ای تحت تعقیب) و مارگریتا که برای نجات معشوقش معامله‌ای با شیطان می‌کند؛ و درنهایت، روایتی نو از ماجرای محاکمه‌ی عیسی مسیح توسط پونتیوس پیلاطس. بولگاکف با مهارت، این خطوط داستانی را به هم پیوند می‌زند تا تصویری از استبداد، بی‌عدالتی و فساد نظام سیاسی شوروی ارائه دهد. در این میان، طنز گزنده و عناصر فانتزی، قدرت رمان را دوچندان کرده و آن را به اثری منحصربه‌فرد تبدیل کرده‌اند.