مبارزه پنهانی در برابر تهدید ها مجموعه درس‌هایی از انقلاب، سه مرحله انتظار-تقیه-قیام را برای شکل گیری انقلاب اسلامی یا هر انقلابی که صبغه اسلامی دارد، ضروری و لازم می داند. کتاب حاضر نگاه عمیقی به چگونگی تحول اجتماع و مراحل آن بر اساس آموزه‌های دینی دارد. استاد علی صفایی پس از آنکه در جلد اول کتاب، از مرحله آماده‌سازی یا انتظار سخن گفت، در این جلد به گام دوم می‌پردازد که همانا «تقیه» است. تقیه مرحله مبارزه پنهانی و نفوذ در دشمنی است که اکنون غالب است و با شروع آماده‌سازی، قصد بر هم زدن جریان انقلاب را خواهد داشت. تقیه در مقابل جهاد نیست، بلکه شکلی از جهاد و مبارزه است؛ مبارزه‌ای پنهان! در این کتاب، استاد پس از تبیین مفهوم، اهداف، ضرورت و آثار تقیه، به تبیین فقهی آن پرداخته و موارد تقیه‏، احکام تقیه‏، شرایط تقیه‏، مقدار تقیه‏ و آثار مخالفت با تقیه‏ را تبیین کرده است. سپس در بخش تاریخ تقیه، نمونه‌هایی از تقیه ائمه علیهم‌السلام را ذکر و تحلیل کرده است.