کتاب گنجهای معنوی در یازده بخش طبقه بندی شده که از مهمترین بخش های آن میتوان به بخش دعا اشاره کرد . انواع دعاها ، فواید دعاها از سخنان ائمه معصومین علیه سلام و … بخش های دیگر کتاب به موضوعاتی چون خواص بعضی از آیات قرآن کریم و بعضی از سوره ها ، بخش نماز و نماز های پر فضلیت ، خواص اسماء الحسنی ، و بخش خواص و شرایطهای روحی و جسمی اشاره کرد.