در کوچه پس کوچه‌های قدیمی شهر یزد، پسری نوجوان زندگی می‌کند که دوستی به اسم محمد تقی دارد. دوستی مهربان، درس‌خوان و محبوب همه، اما پسر نوجوان رقابت پنهانی با محمد تقی دارد. در رمان هیجان‌انگیز رفیق خدا، همزمان با روایت زندگی این پسرچه و چالش‌های او با مفاهیم دینی و اخلاقی، دوران کودکی و نوجوانی آیت‌الله مصباح یزدی رحمه‌الله علیه روایت می‌شود.