کتاب مبانی علوم انسانی اسلامی در جستجوی پاسخ سؤالاتی از این قبیل است؛ علوم انسانی چه نوع علومی اند؟ چه تفاوت ها و تمایزهایی با علوم غیرانسانی دارند؟ هدف یا اهداف علوم انسانی چیست؟ علوم انسانیِ اسلامی به چه معنی است؟ آیا قید «اسلامی» در این ترکیب، احترازی است یا توضیحی؟ روش تحقیق در علوم انسانی اسلامی به چه صورت است؟ روش تحلیل و داوری نظریه ها در علوم انسانی چگونه است؟ آیا منحصر دانستن روش شناسی علوم انسانی در روش تجربی موجه است؟ آیا استناد به متون دینی در تحلیل کنش های انسانی، علم تولیدی ما را امری اختصاصی و درون دینی نمی کند؟ چگونه می توان درستی نظریه خود را برای کسانی که هم کیش و هم آیین ما نیستند، تبیین کرد؟ ارزش ها چه نقشی در علوم انسانی دارند؟ آیا پذیرش تأث یر ارزش در دانش، مستلزم از دست دادن عینیت و بی طرفی علمی نیست؟ چگونه می توان از علوم انسانی اسلامی سخن گفت و در عین حال ویژگی های عینیت، بی طرفی، آزاداندیشی و واقع گرایی علمی را تأمین کرد؟ دلایل مخالفان علم دینی و علوم انسانیِ اسلامی به طور خاص، چیست؟ از چه قوت و اعتباری برخوردارند؟ برای ارائه پاسخ هایی روشن و منطقی به این نوع پرسش ها، که کتاب مبانی علوم انسانی اسلامی، خود را عهده دار پاسخ به آنها می داند