در طب سنتی ایران طبیعت دانه زیره کوهی خیلی گرم و خشک است و برای اثر مدر و حذف سموم و رفع سمیت نیش جانوران مصرف می شود. در طب ایرانی به عنوان مقوی معده و ضد نفخ هم توصیه شده است. مصرف موضعی آن برای درمان درد کمرو سیاتیک مفید است. همچنین مصرف دانه این گیاه را در درمان آسم مفید دانسته اند و مصرف طولانی مدت زیره کوهی یا عرق آن را به عنوان لاغر کننده توصیه کرده اند. در طب کلاسیک زیره کوهی دارای اثرات ضد نفخ و هضم کننده می باشد و در درمان سوء هاضمه و نفخ و دل پیچه به خصوص در  کودکان به کار می رود، همچنین در افزایش شیر مادران مؤثر است. اخیرا فرآوردهای دارویی از این گیاه برای درمان چاقی تولید و در داروخانه ها عرضه می شود. نحوه و میزان مصرف ۲ تا ۴ گرم دانه گیاه به صورت جوشانده یا دم کرده مصرف می شود. قرص و قطره حاوی اسانس و یا عصاره گیاه هم عرضه شده است. مصرف آن به صورت کمپرس یا پوستی نیز گزارش شده است. بخور آن هم به عنوان رافع التهاب مخاط برونش ها مصرف می شود. در ایران کارخانه های متعدد از این گیاه دارویی محصولات دارویی به شکل قرص، پودر، شربت کودکان و افشره تولید کرده اند.