سال‌هاست که نزاع علم که محصول عقل است و دین که رهاورد وحی است، اذهان بسیاری را به خود مشغول داشته است. این نزاع محصول تصوری ناصواب از نسبت علم و دین، و بر این اندیشه استوار است که علم در مقابل دین است و آنچه را دین می‌گوید، علم می‌تواند نفی کند. اموری نیز وجود دارد که علم آن را اثبات و دین آن را انکار می‌کند. کتاب ارزشمند و علمی «منزلت عقل در هندسه معرفت دینی» ضمن تبیین و تشریح مبانی عمیق این نظریه، به این امر توجه می‌دهد که عقل در برابر نقل است نه دین، و نه تنها عقل و دین با هم تعارض ندارند، بلکه دین امر جامعی است که عقل و نقل تحت پوشش آن و رابط میان دین و جامعه انسانی‌اند. از پیامدهای ارزشمند این نظریه، نفی حاکمیت سکولاریسم علمی و جانشینی الهیات بر تمامی علوم است. این اثر وزین در دو بخش و هشت فصل به منزلت عقل، شأن عقل در قلمرو دین، نسبت عقل و نقل در قرآن کریم، آثار و نتایج هماهنگی و همتایی عقل و نقل، اسلامی کردن علوم و دانشگاه‌ها، تأثیر همگانی عقل و نقل در قلمرو علوم اسلامی، نسبت کلام و فلسفه با دین، قلمرو دین و مسئله خاتمیت، مسئله تفکیک و… می‌پردازد.