به‌طور معمول از سیاه‌دانه برای درمان مشکلات دستگاه گوارش از جمله گاز معده، کولیک‌، اسهال‌، اسهال خونی، یبوست و بواسیر استفاده می‌شود. همچنین از این دانه در درمان برخی از مشکلات و بیماری‌های تنفسی مانند آسم، آلرژی، سرفه، برونشیت‌، آمفیزم‌، انواع آنفلوانزا‌ و احتقان استفاده می‌شود. در موارد دیگر استفاده از سیاه‌دانه برای اهدافی مانند کاهش فشار خون‌، کاهش سطح کلسترول‌، پیشگیری و درمان سرطان و تقویت سیستم ایمنی بدن توصیه می‌شود. در زنان نیز برای جلوگیری از بارداری، شروع قاعدگی و افزایش شیر از سیاه‌دانه استفاده می‌‌شود. سیاه‌دانه‌ همچنین گاهی در ترکیب با سیستئین‌، ویتامین E و زعفران برای کاهش عوارض برخی داروهایی شیمی‌درمانی استفاده شده است. به علاوه برخی از افراد نیز برای درد مفاصل و روماتیسم‌، سردرد و بروز برخی مشکلات پوستی، سیاه دانه را روی پوست می‌گذارند.