شروع داستان بسیار احساسی است و به مانند یک فیلم درام که از شروعش بینندگان را میخکوب می‌کند، کتاب مغازه‌ی جادویی نیز خوانندگانش را در عمق داستان فرو می‌برد. جیمز آر داتی که در این داستان تقریبا از کودکی‌اش و همینطور شغل خود که یک جراح است الهام می‌گیرد، کتاب را با جراحی مغز یک کودک خردسال شروع می‌کند. که هرچه از خواندن این کتاب می‌گذرد متوجه می‌شویم که امیدی نیست تا این پسرک زنده بماند. این کتاب همان مکانی ست که نویسنده در زمان کودکی برای خرید لوازم شعبده بازی وارد آن شد و با شخصیت اصلی کتاب که روث نام دارد آشنا می‌شود. روث صاحب این مغازه جادویی است و در مغازه‌اش اتفاقات بسیار جالبی می‌افتد. فصل اول کتاب اینگونه شروع می‌شود که جیمز هنگامی که از خواب برمی‌خیزد متوجه یک تغییر در خود می‌شود. انگشت شست جیمز سرجایش نیست. انگشتی مصنوعی که جیمز با آن کارهایی عجیب و شعبده بازی می‌کرده است. او به اجبار از خانه بیرون می‌رود تا شاید بتواند انگشتی دیگر برای خود پیدا کند. اینجاست که جیمز با مغازه‌ای عجیب روبرو می‌شود. مغازه‌ای جادویی با کلی لوازم عجیب و غریب که جیمز را هیجان زده‌ کرده‌ است. او تصمیم می‌گیرد که برای خرید انگشتی مصنوعی وارد مغازه شود و… .