داستان کتاب تن های هزار ساله از وقوع یک سیل ویرانگر در دوره فتحعلیشاه قاجار و بیرون آمدن قبرستانی قدیمی در شهر ری (قبرستان ابن بابویه کنونی) از زیر خاک شروع شده و با پیداشدن جنازه‌ای حدوداً هزارساله اما سالم، به زندگی مرحوم شیخ صدوق در ابتدای قرن چهارم هجری باز می‌گردد. با پرداختن به زندگی ابن بابویه (پدر) و شیخ صدوق (پسر)، حوادث سالهای پایانی غیبت صغری و آغاز غیبت کبرای امام زمان (عج) مرور شده و کتاب اول (نیمی از داستان) با مرگ ابن بابویه پایان می‌یابد.