مایه پنیر قارچی از آنزیم‌های تولیدشده توسط قارچ‌های مفید (مانند گونه‌های Rhizomucor) به دست می‌آید و برای انعقاد شیر در فرآیند پنیرسازی استفاده می‌شود. این نوع مایه پنیر جایگزین مناسبی برای مایه پنیر حیوانی است و برای تولید پنیرهای گیاه‌خواری مناسب محسوب می‌شود. استفاده از آن باعث تشکیل لخته شیر و ایجاد بافت مناسب پنیر می‌شود. مایه پنیر قارچی معمولاً طعم و کیفیت مطلوبی ایجاد می‌کند، هرچند در برخی پنیرهای بسیار کهنه ممکن است تفاوت‌های جزئی در طعم نسبت به مایه حیوانی دیده شود. این نوع مایه پنیر به‌طور گسترده در صنعت لبنیات استفاده می‌شود.