داستان بازی در قرن 18 میلادی و در دوران جنگ‌های فرانسه و هند اتفاق می‌افتد. بازیکنان در نقش “شارک” (Shay Cormac) قرار می‌گیرند، یک Assassin که به دلایلی به سمت تمسخر خود و گروهش می‌پیوندد و به Templar تبدیل می‌شود. روایت بازی به بررسی دلایل این تغییر و چالش‌های او در مواجهه با گذشته‌اش می‌پردازد. در طول داستان، بازیکنان با شخصیت‌های معروفی از دنیای Assassin’s Creed مواجه می‌شوند و باید تصمیمات سختی بگیرند.