دستیابی به شناخت عمیق و دقیق از اندیشه سیاسی امام خمینی، به عنوان یکی از ملزومات تحقق اسلام ناب در گام دوم انقلاب اسلامی است که ضمناً از تحریف و انحراف در تبیین اندیشه سیاسی امام نیز پیشگیری خواهد کرد. در این نوشتار ضمن بررسی و نقد روش‌های اندیشه‌پژوهی رایج در بررسی اندیشه سیاسی امام خمینی، به تبیین ملزومات اندیشه پژوهش ایشان پرداخته‌ایم و در نهایت منطق و الگویی بومی بن عنوان «روش اجتهادی» ارائه شده است که مطلوب‌ترین روش در بررسی اندیشه سیاسی امام به نظر می‌رسد و در آن،از همه آثار علمی و سیره ایشان بهره گرفته خواهد شد.