سوخت بيوديزل به دليل وجود اكسيژن در ساختمان سلولی خود و احتراق کامل‌تر نسبت به ديزل معمولی CO2 كمتری توليد و درنتیجه آلايندگی كمتر خواهد داشت و باعث كاهش گازهاي گلخانه‌ای می‌شود. افزايش درصد تركيبات بيوديزل در سوخت، كاهش چشمگير مقادير شاخص آلايندگي را به همراه خواهد داشت. استفاده از مخلوط 20% گازوئيل گياهي (بیودیزل) و 80% گازوئيل نفتي بهترين راهكار در گام اول است. هم‌اکنون در بسياري از كشورهای جهان گازوئيل با 20% گازوئيل گياهي (بیودیزل) توزيع می‌شود. با توجه به این موضوع هم‌اکنون سوخت‌هاي فسيلي به‌صورت گام‌به‌گام و به‌تدریج با گازوئيل گياهي جايگزين می شوند، به‌نحوی‌که افزايش كشت محصولات حاوي روغن به‌عنوان مواد اوليه موردنیاز براي توليد بيوديزل در دستور كار بسياري از كشورها قرارگرفته است. از اين سوخت می‌توان به‌عنوان يك سوخت كارآمد و مناسب برای کاهش استهلاک موتور خودروهای دیزلی استفاده كرد. اين سوخت می‌تواند به‌عنوان ماده اوليه توليد هيدروژن در پیله‌های سوختي، پاک‌کننده لکه‌های روغن، عامل محرك توربین‌های توليد الكتريسيته ديزلي، ايجاد روشنایی و پخت‌وپز، گرمايش منازل، رقیق‌کننده گریس‌ها و پاک‌کننده‌های صنعتي، از بين برنده رنگ، چسب و روغن، پاک‌کننده قير و جوهر و روان كننده قطعات فلزي استفاده كرد. همچنين اين سوخت در صنايع هوايي نیز استفاده می‌شود.